V rámci pripomienkového konania  k novele zákona o dani z príjmov dostalo Ministerstvo financií SR  viac ako 620 pripomienok, z ktorých však akceptovalo iba 170 úplne  a 76 čiastočne, avšak nedošlo k výraznejším ústupkom od pôvodného  návrhu. Na rokovanie vlády sa teda tento návrh dostane s vyše 370  neakceptovanými pripomienkami od zamestnávateľských a záujmových  podnikateľských združení.

K pripomienkam, ktoré ministerstvo  neakceptovalo patrí napríklad zvýšenie podpory inovatívnych spoločností. Hoci  v novele je plánované navýšenie daňových výdavkov na vedu a výskum o 25 %,  rezort hospodárstva žiadal o zvýšenie tohto podielu vzhľadom na vyšší  podiel výdavkov na vedu a výskum v okolitých štátoch. Ministerstvo  neakceptovalo ani pripomienku zástupcov lekárov na zrušenie zavedenia povinnosti  využívať ERP lekármi, kvôli špecifikám a aplikačným problémom praktického  zavedenia pokladníc. Výhodu pre lekárov však bude tvoriť možnosť využívania  virtuálnej registračnej pokladnice.

Ministerstvo financií neakceptovalo veľké  množstvo pripomienok najmä preto, že by mohli viesť k prípadným daňovým  únikom, čomu má práve novela zákona predísť. Sprísni sa ňou definícia daňových  a nedaňových výdavkov, zavedú sa limity pri kúpe vozidla určeného na  podnikanie a nastanú zmeny v odpisovaní.